Un génome nouvellement séquencé provenant d’un individu de Denisovan vieux de 200 000 ans remodèle notre compréhension des premières interactions humaines, des migrations et du mélange génétique en Eurasie. Des chercheurs de l’Institut Max Planck d’anthropologie évolutive ont extrait l’ADN de haute qualité d’une molaire trouvée dans la grotte de Denisova en Sibérie, révélant une image beaucoup plus dynamique que ce que l’on pensait auparavant. Cette découverte remet en question la notion de populations humaines archaïques stables, démontrant des croisements et des remplacements de population répétés sur des dizaines de milliers d’années.
Le génome dénisovien le plus ancien à ce jour
La molaire, désignée Denisova 25, appartenait à un mâle qui vivait il y a au moins 200 000 ans – bien plus tôt que le Denisovan précédemment séquencé, dont le génome était vieux de 65 000 ans. Ce spécimen plus ancien offre un aperçu critique d’une période où les humains modernes étaient encore confinés à l’Afrique. La préservation exceptionnelle de l’ADN a permis aux scientifiques de reconstruire le génome avec une grande précision, fournissant un point de comparaison direct avec le jeune Denisovan.
La recherche confirme que les Dénisoviens ne constituaient pas une population unique et uniforme, mais comprenaient plutôt au moins deux groupes distincts qui occupaient la région de l’Altaï à des époques différentes. Un groupe semble avoir remplacé l’autre au fil des millénaires, ce qui indique une dynamique de population complexe. L’ancien Denisovan portait plus d’ADN néandertalien que le dernier, prouvant que le métissage n’était pas un événement rare, mais une caractéristique récurrente de l’ère glaciaire Eurasie.
Preuve d’une ascendance « super-archaïque »
Plus surprenant, le génome révèle des preuves de mélange avec une population d’hominidés encore plus ancienne qui s’est écartée de l’arbre généalogique humain avant la scission entre les Dénisoviens, les Néandertaliens et les humains modernes. Cela suggère une couche de complexité génétique plus profonde dans l’évolution humaine qu’on ne le pensait auparavant.
“Ce génome apporte la preuve concrète que les humains archaïques n’étaient pas isolés : ils se mélangeaient, se mélangeaient et se remplaçaient à plusieurs reprises”, explique le Dr Stéphane Peyrégne, chercheur principal.
Retracer l’ascendance dénisovienne dans les populations modernes
L’étude met également en lumière les raisons pour lesquelles les populations modernes portent l’ADN de Denisovan selon différents modèles. Les populations d’Océanie, d’Asie du Sud et d’Asie de l’Est ont toutes une ascendance dénisovienne, mais pas du même genre. Le nouveau génome contribue à expliquer cet écart. Les chercheurs ont identifié au moins trois sources dénisovanes distinctes, un groupe contribuant largement à l’ascendance en Asie de l’Est et au-delà. Une autre population, plus divergente, a contribué indépendamment à l’ADN des Océaniens et des Sud-Asiatiques.
Cela suggère que les ancêtres des Asiatiques de l’Est ont migré vers l’Asie par une route différente – probablement depuis le nord – tandis que les ancêtres des Océaniens ont traversé l’Asie du Sud plus tôt. L’analyse démontre de multiples migrations vers l’Asie, plutôt qu’un seul événement hors d’Afrique avec une contribution unifiée de Denisovan.
Gènes Denisovan chez les humains modernes
L’équipe a identifié des dizaines de régions dans les populations actuelles qui semblent avoir été façonnées par l’introgression dénisovienne. Plusieurs mutations spécifiques à Denisovan affectent les gènes liés à la forme crânienne, à la projection de la mâchoire et aux traits du visage, ce qui correspond aux preuves fossiles limitées. Certaines variantes génétiques étaient probablement bénéfiques et sont devenues très fréquentes chez les humains modernes grâce à la sélection naturelle.
Par exemple, l’étude a révélé des liens entre les allèles de Denisovan et des traits tels que la taille, la tension artérielle et le taux de cholestérol dans les populations modernes. Un changement réglementaire se situe à proximité de FOXP2, un gène impliqué dans le développement du cerveau, soulevant de nouvelles questions sur la cognition de Denisovan.
Implications pour l’évolution humaine
Le génome de haute qualité de Denisova 25 constitue une réalisation historique en paléogénomique. En le comparant au génome plus jeune de Denisovan, les scientifiques ont découvert une histoire beaucoup plus complexe et fluide des premières interactions humaines qu’on ne l’imaginait auparavant. Cette recherche souligne que les anciens humains n’étaient pas des groupes isolés mais des populations dynamiques qui se mélangeaient, migraient et se remplaçaient les unes les autres sur des dizaines de milliers d’années. Les résultats soulignent également l’importance d’étudier l’ADN ancien pour comprendre l’histoire complète de l’évolution humaine.
Le génome de Denisovan continue de fournir des indices sur le patrimoine génétique des humains modernes, offrant de nouvelles perspectives sur les adaptations, les susceptibilités aux maladies et même les traits physiques façonnés par des croisements anciens.
